La financiación de las Organizaciones de Servicios se consigue fundamentalmente a través de los Contratos-Programa firmados entre las Direcciones Territoriales del Departamento de Sanidad y las Gerencias de las Organizaciones de Servicios. En estos se pactan las condiciones de actividad, calidad y precio para todo el año.

Una segunda fuente de financiación es la procedente de terceros obligados a pago (compañías aseguradoras, particulares...). El resto de la financiación proviene de ingresos financieros y accesorios (ventas de material para reciclaje).